Главными реками города являются Москва, Яуза, Сетунь, Городня, Сходня, Нищенка, Десна и Пахра. В основании и последующем росте столицы сыграли важную роль четыре реки — Москва, Клязьма, Неглинная и Яуза. Клязьма возле города приближалась к Москве-реке и её притокам — Сходне, Химке, Яузе